Социальное партнерство как система взаимоотношений между работниками (представителями работников) и работодателями (представителями работодателей), направленная на обеспечение согласования интересов и регулирование отношений в сфере труда между работниками и работодателями в Межрегиональной организации Профсоюза имеет три уровня – субъект федерации, муниципальный (территориальный) и организация.
Социальное партнерство осуществляется в формах: коллективных переговоров по подготовке проектов коллективных договоров, соглашений и их заключению; взаимных консультаций с работодателями по вопросам, связанным с принятием локальных нормативных актов, переговоров по вопросам введения организационных и технологических изменений, влекущих за собой изменение условий труда работников, участия работников, их представителей в управлении организацией.
Региональные отраслевые соглашения на уровне Межрегиональной организации заключаются с 1991 года.